Talk:KTL Sarcoma study

Variable description for reduced data -- Jouni 14:09, 18 March 2013 (EET)

This description is copied directly from the Excel file "P:\huippuyksikko\Tutkimus\R16_sarkooma\Data\Panulle20031216\Analyysi020712_typistetty.xls". ----#: . I have not checked how well it matches with the description on the main page. --Jouni 14:09, 18 March 2013 (EET) (type: truth; paradigms: science: comment)

Excelin otsikko SAS-tiedoston kaikki muuttujanimet ja luokkamuuttujien arvojen selitykset leikkaus_dt Potilaan yleistiedot (6 muuttujaa) LEIKKAUS leikkauspvm, SASin oma formaatti (päivää jostakin kiintopisteestä?) ika IKA ikä vuosina leikkauspäivänä aluenro ALUENRO aluenro tutkimusalue (potilaan kotiosoitteen postinumeron perusteella) sp 1 - Pituus 2 Espoo Paino 3 Helsinki Kalaa Kysytty kalansyönti (12 muuttujaa) 4 Hyvinkää Petokalaa 5 Hämeenlinna Muikkua 6 Joensuu Sisävesikalaa (Vähän dioksiineja) 7 Jyväskylä Kirjolohta (Vähän dioksiineja) 8 Kotka Silakkaa (Paljon dioksiineja) 9 Kuopio Itämeren lohta (Paljon dioksiineja) 10 Lahti Muuta itämerestä 11 Lappeenranta Pakastekalaa 12 Pori Kalasäilykkeitä 13 Seinäjoki Valtamerikalaa 14 Tampere Äyriäisiä 15 Turku TCDF2378 Dioksiinijohdokset eli yksittäiset kemikaalit (17 muuttujaa) 16 Vaasa TCDD2378 PNRO postinumero K3 (K#=kyselylomakkeen kysymys nro #) PF12378 STRATUM stratum eli tapauksen numero ilman S-etuliitettä PF23478 STRATASE strataset eli tässä analyysissä 9 PD12378 DGLUOKKA diagnoosiluokka tapauksilla HF123478 DG_id DGnimi HF123678 1 MFH HF234678 2 Liposarcoma HF123789 3 Leiomyosarcoma HD123478 4 Angiosarcoma HD123678 5 Chondrosarcoma HD123789 6 Sarcoma synoviale F1234678 7 Sarcoma Ewing F1234789 8 Dermatofibrosarcoma D1234678 9 Sarcoma alia OCDF 10 Sarcoma NUD OCDD 11 Ei tietoa toxsum Dioksiinit yhteensä 12 Osteosarcoma extrasceletale WHOTEQ Dioksiinit yhteensä painotettuna myrkyllisyyskertoimella 21 Lipoma 22 Tumor Desmoides 23 Myxoma 24 Muu benigni tuumori 25 Melanoma 26 Muu kuin tuumori 27 Tuplanäyte SP sukupuoli 1=mies, 2=nainen K6 KOULUV kouluvuodet K8 PITUUS pituus, cm K15 PAINO paino nyt, kg K16 KALAA kalansyönti K21 1 Harvemmin kuin kerran kuukaudessa tai en lainkaan 2 Kerran tai pari kuukaudessa 3 Kerran viikossa 4 Pari kertaa viikossa 5 Lähes joka päivä 6 Kerran päivässä tai useammin PETOKALA K22 (muuttujaan _YRI_ISI asti) 0 En lainkaan 1 Harvemmin kuin kerran kuukaudessa 2 Kerran tai pari kuukaudessa 3 Kerran viikossa 4 Pari kertaa viikossa 5 Lähes joka päivä MUIKKUA SIS_VESI KIRJOLOH SILAKKAA IT_MEREN MUUTA_IT PAKASTEK KALAS_IL VALTAMER _YRI_ISI SADE sädehoito K47 VASTATTU onko kysely palautettu? YES/NO SADEAIK aikaisempi sädehoito (yhdistelty kyselyn ja sairaalan tiedoista) TCDF2378 kongeneerispesifinen pitoisuus ng/kg (absoluuttiyksiköt rasvassa) TCDD2378 PF12378 PF23478 PD12378 HF123478 HF123678 HF234678 HF123789 HD123478 HD123678 HD123789 F1234678 F1234789 D1234678 OCDF OCDD TOXSUM edellä mainittujen 17 kongeneerin summa WHOTEQ edellä mainittujen 17 kongeneerin WHO-TEF-kertoimella painotettu summa TUPAK oletko koskaan tupakoinut 1=ei, 2=kyllä K30 TSTATUS tupakointi: 1= < 6 kk sitten, 2= > 6 kk sitten, 3=ei koskaan K30+K32 PACKYEAR askivuodet: poltetut vuodet K31*( eri valmisteiden summa kpl/pvä K33)/20 NULL, jos K30=2 mutta K32=NULL KEMIK monelleko kemikaaliryhmälle on altistunut? K42 Onko altistunut 1=en, 2=kyllä (K42 muuttujaan MUU2 asti) LIUOTTI liuottimet MAALIT liuotinpohjaiset maalit FORMALDE formaldehydi HYONTEIS hyönteismyrkyt KASVINSU kasvinsuojeluaineet KYLLASTE puunkyllästeet PESUAINE voimakkaat pesuaineet METALLIT raskasmetallit MUU1 muu MUU2 muu K42 kuvauksen perusteella 0=ei altistusta 4=pahin altistus HYONLUOK hyönteismyrkyt KASVLUOK kasvinsuojeluaineet KYLLLUOK puunkyllästeet ALKO kuinka usein alkoholia K35 1 päivittäin 2 muutaman kerran viikossa 3 noin kerran viikossa 4 pari kertaa kuukaudessa 5 noin kerran kuukaudessa 6 noin kerran parissa kuukaudessa 7 3-4 kertaa vuodessa 8 pari kertaa vuodessa 9 kerran vuodessa tai harvemmin 10 en koskaan ALKOUS K35 ilmoitettuna kertaa/viikko (7, 3, 1, 0.5, 0.2, 0.1, 0.05, 0.03, 0.01, 0) ALKOKULU alkoholin kulutus annosta/viikko. Lasketaan K36=pal ja K35 avulla alkokulu: IIf([pal] Is Null And [alko]>8,0,[alkous]*[alkomaar]) alkomaar K36 ilmoitettuna annosta/kerta: 0,1,2,3,5,8,12 annosta ASUKKAIT potilaan kotikunnan asukasluku (vuonna 1996? Pitäisikö tarkistaa mistä tilasto on?) bmi paino / pituus / pituus * 10000 mkala Nämä kolme kalamuuttujaa on saatu regressiomallilla sovittamalla luokittelu- mkaladio muuttujat suoraan regressiomalliin. Yksiköt ovat siis epämääräisiä. Ehkä pitäisi mkalamuu muuttaa ensin kalamuuttujat muotoon annosta/kk niin olisi mielekäs tulkinta? muu if muu1 = 1 or muu2 = 1 then muu = 1 (muuten muu=0) HUOM! Tämä muu on laskettu päin mäntyä: 1 tarkoittaa ei altistusta eli jos ei ole kahta altistusta, merkitään altistuneeksi ja jos ei ole tietoa tai on kaksi altistusta, merkitään altistumattomaksi. ÄLÄ KÄYTÄ SIIS TÄTÄ MUUTTUJAA MISSÄÄN! smoking 3-tstatus; 0=ei ikinä tupakoinut, 1= > 6 kk sitten, 2= < 6 kk sitten never smoking jaetaan 0->never=1, 1->former=1, 2->current=1 former current

Joukon jatkotutkimusideoita -- Jouni 15:20, 1 November 2013 (EET)

Sarkoomatutkimuksen analyysit

1) Assosiaatio: PCDD/F vs. ilmoitettu

• puunsuoja-aineiden
• kasvinsuojeluaineiden
• hyönteismyrkkyjen käyttö työssä tai muuten

Antaako kaikkien vastanneiden ryhmä saman tuloksen kuin mitattujen vastanneiden?

Tavoite: selvittää recall bias kyselyyn perustuvien tutkimusten virhelähteenä

2) Painoindeksi vs. PCDD/F

Tavoite: selvittää, aiheuttaako suurempi kalan, lihan ja rasvan käyttö suuremman kertymisen vai aiheuttaako kohonnut painoindeksi päinvastoin laimenemisefektin

3) Imetys vs. PCDD/F

Tavoite: Näkyykö imetyksen vaikutus pitoisuuksissa?

Muita kiinnostavia STS odds ratioita kyselytutkimuksen materiaalista

• Mikä tahansa kemikaali vs. STS
  • Tavoite: valaista edellistä lisää, tuleeko suunnilleen sama assosiaatio olipa kemikaali mikä hyvänsä?
• Kalansyönti kyselystä
• Silakansyönti kyselystä
• Itämeren kalan syönti kyselystä
• Alkoholi
• Tupakointi
• BMI
• Ammatti